L’enseignement à la FLTE est assuré par trois catégories d’intervenants :
- Les professeurs titulaires et assistants au nombre de sept :
- Alexandre Antoine pour les disciplines historiques
- Cédric Eugène pour le Nouveau Testament
- Daniel Liechti pour l’Évangélisation et l’implantation d’Églises
- Christophe Paya pour la Théologie pratique et les stages
- Antony Perrot pour l’Ancien Testament
- Louis Schweitzer pour l’éthique et la spiritualité
- Jacques Nussbaumer pour la Théologie systématique
- Les professeurs associés au nombre de quatre :
- Nicolas Farelly en Nouveau Testament
- Jean-Claude Girondin en sociologie religieuse
- Alain Nisus pour la Théologie systématique et la philosophie
- Hannes Wiher en missiologie
- Les chargés de cours au nombre d’une vingtaine :
- des pasteurs ou responsables d’œuvres réputés pour la qualité de leur enseignement ou leur compétence dans un domaine de la théologie
- des doctorants en théologie
- des professeurs d’autres institutions, Institut Biblique de Nogent en particulier
- des personnes qualifiées dans divers domaines : communication, linguistique, psychologie
- Certains professeurs émérites interviennent de façon régulière ou épisodique à la demande des professeurs titulaires : Henri Blocher, Bernard Huck, Émile Nicole